A urna eletrônica conta com diversos mecanismos de segurança, por meio dos quais o próprio eleitor, os partidos políticos, as instituições públicas e as entidades da sociedade civil podem verificar a confiabilidade e o pleno funcionamento do sistema eletrônico de votação. A Justiça Eleitoral utiliza o que há de mais moderno em termos de segurança da informação para garantir a integridade, a autenticidade e o sigilo dos dados contidos no sistema de votação.

Ao todo, existem 30 camadas de segurança que protegem os sistemas da urna de qualquer tentativa de invasão. Para alterar uma informação, um hacker teria de passar por todas essas barreiras, o que é praticamente inviável, já que teria de fazê-lo em um único momento: na hora da votação. Além disso, mesmo que o invasor conseguisse ultrapassar alguma barreira, ele não obteria sucesso, pois qualquer ataque ao sistema causa um efeito dominó e a urna eletrônica trava, não sendo possível gerar resultados válidos.

Entre as tecnologias implementadas pelo Tribunal Superior Eleitoral (TSE) para garantir a segurança do software e do hardware da urna estão a criptografia, a assinatura digital e o resumo digital. A Corte ainda realiza a Cerimônia de Lacração e Assinatura Digital, em que os sistemas eleitorais são compilados e assinados digitalmente em um evento público.